1989年8月～10月，中国科学探险协会积极主动与美国华盛顿州立大学的学者、著名的美国地理学家克林奇教授合作，对横断山区的梅里雪山进行了“海拔高度变化对人体生理机制影响”的高山科学探险考察。重点研究了不同海拔高度上正常人的心脑电图

1990年7～8月，中国科学探险协会与日本产业新闻合作，对新疆东昆仑山地区野生动物和“野人”进行了考察研究。

1990年4月～5月，中国科学探险协会与日本热气球联盟联合进行了人类首次热气球飞越珠穆朗玛峰的科学探险考察。目的是通过此次活动唤起全世界人民都来保护人类赖以生存的地球生态环境，加强中日两国人民的友好合作。

1990年7～9月，中国科学探险协会与日本SANE TWO株式会社合作共同组织了中日联合可可西里综合科学考察队。

雅鲁藏布江是世界屋脊上最大的河流，也是世界上海拔最高的河流，为中外所关注。中国科学探险协会与日本东京映像民俗社合作于1993年对雅鲁藏布江进行了全面的科学探险考察。这次活动得到了中国青藏高原研究会的大力支持。

1993年7月～8月，中国科学探险协会与挪威卑尔根大学合作，在珠峰北坡地区进行气象、冰川与生物的科学考察，考察队由15人组成，其中有挪威科学家5人，中方科学家5人，考察队冒着低温缺氧的恶劣环境，在珠峰大本营附近冰川上建立了两个无人气象观测站，取得了整整一年的地气热量交换观测资料，取得了大量的植物、昆虫等样品，并在海拔6500米绒布冰川上打冰钻，取得冰芯样本，

为配合西部大开发战略的实施，中国科学探险协会组织了我国沙漠、水资源、大气、考古方面的科学家以及中央电视台记者组成“新疆塔里木河下游地区科学探险考察队”对新疆塔里木河下游的环境变化和文明兴衰进行了为期20天的科学探险考察，重点寻找考察70年前由瑞典著名科学探险家斯文.

东非大裂谷是考察研究人类起源、火山变化的重要地区，中国科学家没有组织过东非大裂谷科学考察。为此，经科协批准，协会与所属《中国科学探险杂志》于2005年7～8月共同组织了我国人类起源学家黄万波等6名科学家前往考察。